V pražské čtvrti Žižkov se začal hrát fotbal roku 1897. První kroužky a oddíly se zde začaly organizovat kolem roku 1900. První klub s názvem Viktoria vznikl už tehdy, ale záhy opět zanikl.
Viktoria neměla dlouho domácí stadion. Až v roce 1909 se klubu podařilo získat pozemky bývalé cyklistické dráhy na Ohradě. 29. září téhož roku zde bylo slavnostně otevřeno nové hřiště.
Poslední velký úspěch zaznamenal klub v roce 1929, kdy se stal vicemistrem ligy. Pak následoval pozvolný propad v tabulce zakončený sestupem z první ligy v roce 1934.
V sezoně 2000/2001 porazila Viktoria ve finále poháru po prodloužení Spartu 2:1. V ligovém ročníku 2001/2002 přišla o titul až v posledních minutách utkání závěrečného kola proti Slavii a nakonec obsadila 3. místo.