V pražské čtvrti Žižkov se začal hrát fotbal roku 1897. První kroužky a oddíly se zde začaly organizovat kolem roku 1900. První klub s názvem Viktoria vznikl už tehdy, ale záhy opět zanikl.

V sezoně 1948/1949 vedla Viktoria po podzimní části divizní tabulku. Po komunistické převratu však byly dosavadní výsledky anulovány a na jaře se hrálo opět od začátku.

Viktoria neměla dlouho domácí stadion. Až v roce 1909 se klubu podařilo získat pozemky bývalé cyklistické dráhy na Ohradě. 29. září téhož roku zde bylo slavnostně otevřeno nové hřiště.

V roce 1992, kdy klubu hrozil bankrot, Viktorii kupuje podnikatel Vratislav Čekan. Ten odkupuje od Slušovic práva na účast v ČMFL a klub posiluje kvalitními hráči. Hned v další sezoně Viktoria snadno postupuje do první ligy.

Poslední velký úspěch zaznamenal klub v roce 1929, kdy se stal vicemistrem ligy. Pak následoval pozvolný propad v tabulce zakončený sestupem z první ligy v roce 1934.

V sezoně 2000/2001 porazila Viktoria ve finále poháru po prodloužení Spartu 2:1. V ligovém ročníku 2001/2002 přišla o titul až v posledních minutách utkání závěrečného kola proti Slavii a nakonec obsadila 3. místo.