1996-současnost

V sezoně 2000/2001 porazila Viktoria ve finále poháru po prodloužení Spartu 2:1. V ligovém ročníku 2001/2002 přišla o titul až v posledních minutách utkání závěrečného kola proti Slavii a nakonec obsadila 3. místo.

Stejný úspěch zopakovala i v dalším ročníku. O rok později, v sezóně 2003/2004 Viktoria sestoupila do druhé ligy. Následně propukla korupční aféra. Viktorii bylo po prokázání úplatků odečteno od startu dalšího ročníku druhé ligy 12 bodů. Spolu s tím přišla i obměna kádru a nově vedení klubu. V sezoně 2007/2008 se klub vrátil do nejvyšší soutěže, kde však pobyl jen dva ročníky a sestoupil do 2.nejvyšší soutěže.V ročníku 2010-2011 vybojoval klub Gambrinus ligu, ale po roce sestoupil a bude hrát 2.ligu.